1. Према дебљини колоне, може се поделити на два типа: општа пакована колона и капиларна колона.
Пакована хроматографска колона: Обично се цеви од нерђајућег челика унутрашњег пречника од 4-6 мм користе за формирање спиралних колона, са уобичајеном дужином колоне од 2-4 метара. Напуните течну стационарну фазу (гасна течна хроматографија) или чврсту стационарну фазу (гасна чврста хроматографија).
Колона за капиларну хроматографију: Цев колоне је капиларна цев, која се обично користи као стаклена или еластична кварцна капиларна цев са унутрашњим пречником од 0.1-0.5 мм, а дужина колоне се креће од десетина метара на стотине метара.
Колоне за капиларну хроматографију се према начину пуњења могу поделити на отворене капиларне колоне и пуњене капиларне колоне.
2. Према механизму раздвајања, може се поделити на дистрибуционе колоне и адсорпционе колоне, са главном разликом у фиксној фази.
Дистрибуциона колона: генерално, стационарна течност (течност са високом тачком кључања) се облаже на носач да би се формирала течна стационарна фаза, а раздвајање се остварује разликом коефицијента поделе компоненти. Функционалне групе стационарног раствора се комбинују на површини носача кроз хемијску везу, која се назива фаза хемијске везе. Предност је што нема губитка.
Адсорпциона колона: Састављена стављањем адсорбента у хроматографску колону, одвајање се постиже коришћењем разлика у коефицијентима адсорпције компоненти. Поред адсорбената, чврсте стационарне фазе такође укључују молекуларна сита и полимерне порозне микросфере.